Os sistemas de proteção ambiental da Cetrel são classificados como sendo de grande porte, em função da dimensão do Complexo Industrial de Camaçari. Os principais serviços e processos de produção da Cetrel são os seguintes:

Tratamento de Efluentes- utiliza a tecnologia de Lodos Ativados, tendo uma capacidade de processamento de 144.000 m3/dia, com uma carga orgânica equivalente a uma cidade de três milhões de habitantes. O desempenho operacional da ETE é equivalente aos mais avançados sistemas do mundo, com eficiência de remoção de DBO acima de 95% e eficiência de remoção de DQO acima de 75%.

Sistema de Disposição Oceânica - composto por um emissário terrestre com 11,6km de tubulação e pelo emissário submarino com 4,8km de extensão, estendendo-se a uma profundidade média de 25m e com diluição mínima de 1:400.

Disposição de Resíduos Sólidos - processo que utiliza aterros industriais especiais para disposição final dos resíduos sólidos, constituídos por células impermeabilizadas com camadas de argila e mantas plásticas de polietileno de alta densidade (PEAD), onde são acondicionados os resíduos.

Incineração de Resíduos Perigosos - os resíduos líquidos e sólidos são queimados a temperaturas de cerca de 1.250ºC. O sistema de lavagem de gases dos incineradores garante níveis de poluentes atmosféricos inferiores aos legislados na emissão de gases das chaminés. O parque de incineração é composto por dois incineradores - um para resíduos líquidos e outro para resíduos sólidos.

Monitoramento do Ar - processo realizado através das dez estações fixas que avaliam continuamente a qualidade do ar na área de influência do Pólo Industrial de Camaçari, privilegiando as comunidades vizinhas. As estações são interligadas por sistema de telemetria que permite a disponibilização dos dados apurados em tempo real.

Gerenciamento dos Recursos Hídricos - inclui o monitoramento do aqüífero e dos corpos de água superficiais na área de influência do Pólo Industrial de Camaçari, através de uma rede composta por 836 poços. Esse programa permite assegurar que as águas de abastecimento público de Camaçari e Dias D'Ávila, bem como as águas minerais produzidas na região, se encontrem em perfeitas condições de potabilidade.

Monitoramento Oceanográfico - desde que implantou seu Sistema de Disposição Oceânica, em 1992, a Cetrel monitora sistematicamente a qualidade ambiental da área de influência do seu emissário submarino, através de duas campanhas anuais de monitoramento oceanográfico - uma no verão e outra no inverno. A área monitorada compreende uma grade amostral composta por dez pontos de coleta de amostras em um trecho de 25 quilômetros do litoral norte da Bahia, entre as praias de Busca Vida e Guarajuba. O projeto é realizado em parceria com os Institutos de Biologia, Química e Geociências da Universidade Federal da Bahia.

Monitoramento na Fonte – inclui o monitoramento dos efluentes gerados pelas empresas instaladas no Pólo Industrial de Camaçari ligadas ao sistema de coleta, transporte, tratamento e disposição final dos efluentes do Pólo Industrial de Camaçari. O serviço é realizado em regime integral, com duração de 24 horas.