Com equipamentos de última geração, o Laboratório da Cetrel utiliza a melhor tecnologia a serviço do meio ambiente, atuando em todas as áreas de monitoramento e diagnóstico ambiental e sendo o mais completo laboratório do país nesse campo.

Estruturado em Laboratório de Análises Inorgânicas (Físico-Química, Ótica, Cromatografia Iônica e Caracterização de Resíduos), Laboratório de Análises Orgânicas (Cromatografia Gasosa, Cromatografia Líquida e Espectrofotometria de Infravermelho) e Laboratório de Biologia (microscopia, microbiologia e ecotoxicologia), o Laboratório da Cetrel tem vários dos seus ensaios e análises acreditados junto ao Inmetro pela norma internacional ISO 17025.

Cabe destacar também o Laboratório de Calibração, que serve de apoio às demais áreas, cuidando da calibração de toda a vidraria volumétrica e equipamentos considerados críticos, além de monitorar a qualidade da água utilizada em todos os laboratórios e acompanhar os resultados dos programas interlaboratoriais.