A Cetrel vem investindo de forma sistemática na implantação e manutenção de sistemas avançados de gestão, buscando continuamente a excelência no desempenho operacional e organizacional. Essa preocupação começou a se intensificar em 1995, quando a Empresa implantou o Sistema de Gestão Ambiental, certificado no ano seguinte pela norma ISO 14001. Na época, a Cetrel foi a segunda empresa brasileira a se certificar pela norma.

Em 1997, a Cetrel adotou o modelo de gestão da Fundação Nacional da Qualidade para o Prêmio Nacional da Qualidade e, em 1999, tornou-se a primeira organização brasileira a conquistar o PNQ na categoria Médias Empresas. Em 2000, a Cetrel implantou o Sistema Integrado de Gestão – SIG e foi certificada também pelas normas OHSAS 18001 (Gestão de Segurança e Saúde Ocupacional) e ISO 9002 (Gestão da Qualidade).

Em 2005, a Cetrel foi certificada pela norma internacional SA 8000, que especifica requisitos de responsabilidade social para empresas, levando em conta o atendimento às leis nacionais e internacionais e convenções sobre direitos humanos, direitos do trabalho, da mulher, das minorias, das crianças, bem como às convenções da Organização Internacional do Trabalho e da ONU. Nesse sentido, a Cetrel foi a terceira empresa baiana a se certificar pela SA 8000.

Atualmente, o SIG reúne e mantém as certificações da Cetrel nas quatro normas internacionais: ISO 14001, OHSAS 18001, ISO 9001 e SA 8000.

O Laboratório da Cetrel também possui o seu próprio sistema de gestão, denominado Sistema de Qualidade do Laboratório, credenciado em 1998 pelo Inmetro, através da norma ISO Guide 25 e posteriormente, em 2005, pela norma internacional ISO 17025.