A Cetrel utiliza, desde 2001, o Sistema de Informações Georreferenciadas (GIS) que é uma importante ferramenta para as ações de monitoramento ambiental. O GIS é um conjunto de tecnologias para coleta, processamento, análise e disponibilização de informações com referência geográfica, permitindo integrar os dados do programa de monitoramento no espaço e no tempo, facilitando e agilizando a análise dos dados e a tomada de decisões.

Composto de equipamentos, programas e dados voltados para a captura, armazenamento, manipulação, análise, modelagem e visualização de dados espacialmente georreferenciados para resolver problemas de gestão e planejamento. Assim, essa ferramenta permite a geração de diversos mapas temáticos, análises geoestatísticas, mapas de plumas de concentração de contaminantes, mapas potenciométricos e topográficos, permitindo ainda a visualização de gráficos, tabelas e relatórios convencionais.

Embora esteja sendo utilizado, prioritariamente, para o programa de Gerenciamento das Águas Subterrâneas, o GIS tem aplicações em diversas outras áreas da engenharia ambiental e seu uso será estendido às atividades de monitoramento do ar, de controle na geração de resíduos, campanhas oceanográficas e manutenção, entre outras atividades que exigem mapeamento e localização no espaço.